Pracę w Zakładzie wykonuje pięć zespołów zadaniowych:
- Zespół Przygotowania i Obsługi Projektów,
- Zespół Badań Bentosowych,
- Zespół Badań Pelagicznych,
- Zespół Badań Ichtiologicznych,
- Zespół Wsparcia Technicznego,
W ramach Zakładu funkcjonuje specjalistyczne laboratorium do analiz próbek biologicznych fitoplanktonu, zooplanktonu, fitobentosu, zoobentosu oraz ichtiofauny.
Laboratorium Zakładu wyposażone jest w specjalistyczny sprzęt:
- do pomiarów parametrów fizyczno-chemicznych wody: zasolenia, temperatury, zawartoÅ›ci tlenu i chlorofilu a – sonda STD/CTD SAIV/AS i multimetryczny miernik HI 9829,
- do poboru próbek biologicznych:
- wody: butle Niskina o poj. 5 dm3 i 7,5 dm3,
- planktonu siatki: typu Bongo,WP2 i siatki fitoplanktonowe,
- bentosu: czerpaki Günthera, van Veen’a, Bernatowicza, przyrzÄ…d DAK do iloÅ›ciowego poboru fitobentosu i fauny fitofilnej,
- ichtiofauny: sieci skrzelowe wielopanelowe typu Nordic i Polish Coastal Survey Net (PCSN), sieci skrzelowe ukierunkowane np.: do połowu ryb łososiowatych, badawcze włoki denne i pelagiczne, pułapki narybkowe, żaki.
- do analiz próbek biologicznych:
- mikroskopy stereoskopowe, mikroskopy, m.in. mikroskop OLYMPUS BX43 wraz z kamerÄ… cyfrowÄ… OLYMPUS UC30 i oprogramowaniem CellSens DImensions do analizy i archiwizacji obrazu.
Zakład w zależności od realizowanych projektów, we współpracy z:
- Zakładem Oceanografii Operacyjnej Instytutu Morskiego w Gdańsku, korzysta z: jednostek pływających, będących w posiadaniu tego Zakładu i pojazdów podwodnych: Saab Seaeye Cougar-XTi, Saab Seaeye Falcon, Saab Seaeye 600DT.
- Zakładem Ochrony Środowiska Instytutu Morskiego w Gdańsku realizuje projekty, w których niezbędne są chemiczne analizy laboratoryjne, zarówno osadów dennych, jak i wody.
Zakład prowadzi również projekty w zakresie badań podwodnych z wykorzystaniem opracowanych przez siebie metodyk i we współpracy z profesjonalnymi firmami nurkowymi.